• Covid 19, dalla ricerca genomica passi avanti contro la malattia

Intervista al Prof. Luca Valenti: “Grazie ai finanziamenti di Fondazione Patrimonio Ca’ Granda, la ricerca del Policlinico è all’avanguardia a livello mondiale”

 

La ricerca genomica è l’ultima frontiera per curare le malattie. Mappare e sequenziare il DNA umano consente di sapere in anticipo a quali patologie potremo andare incontro nel corso della nostra vita e quindi applicare, in anticipo, trattamenti e terapie personalizzate.

Ma per rendere più veloci ed efficaci gli studi sul nostro ricchissimo patrimonio genetico sono necessari macchinari all’avanguardia per gestire miliardi di dati (i big data) e “abilitare” i ricercatori a lavorare nei team internazionali formati da centri di eccellenza a livello mondiale.

I finanziamenti erogati nel 2021 da Fondazione Patrimonio Ca’ Granda al Policlinico di Milano sono stati destinati anche al progetto Genomica, per l’acquisto di un’apparecchiatura Next Generation Sequencing (€ 400.000) e per sostenere progetti di ricerca resi possibili dalla nuova tecnologia (€ 180.000).

Tra questi il FOGS-2021 (Fondazione COVID-19 Genomic Study-2021): uno studio per scoprire i fattori di predisposizione a sviluppare la malattia e le sue complicazioni.

Per capire la portata di questi studi per combattere il virus che ha sconvolto il mondo abbiamo intervistato il prof. Luca Valenti, docente di medicina interna e Direttore della Ricerca presso la UOC (Unità Operativa Complessa) Medicina Trasfusionale ed Ematologia.

Prof. Luca Valenti

Prof. Luca Valenti (Foto Filippo Verza)

Prof. Valenti, ci può raccontare meglio questo progetto di ricerca a cui state lavorando?
È un progetto che si inserisce all’interno degli sforzi del consorzio internazionale COVID-19 Host Genetics Initiative (COVID-19 HGI) che ha coinvolto scienziati di tutto il mondo e rappresenta una delle più estese collaborazioni nel campo della genetica umana, con oltre 3.300 autori e 61 studi di 25 Paesi, tra cui l’Italia. 

Il team internazionale di ricerca da chi è composto?
I partner con cui abbiamo lavorato all’interno del consorzio COVID-19 HGI sono l’Università di Kiel in Germania e quella di Oslo in Norvegia, oltre a vari gruppi italiani, spagnoli e ad altri centri europei.

Il nostro gruppo di studio della Fondazione IRCCS Ca’ Granda Ospedale Maggiore Policlinico, Università degli Studi di Milano, ha potuto contribuire alla ricerca ai massimi livelli grazie all’acquisto del macchinario di ultima generazione finanziato dalla Fondazione Patrimonio Ca’ Granda (NGS, Next Generation Sequencing).

Foto Filippo Verza

Qual è lo scopo del vostro studio sul Covid?
Il progetto FOGS-2021 si inserisce in un filone di ricerca legato all’identificazione dei fattori ereditari di predisposizione alle malattie, condotti a livello dell’intero genoma.

Grazie alla tecnologia all’avanguardia della piattaforma NGS – possiamo ora sequenziare in tempi rapidi e con costi ridotti il genoma delle persone affette da Covid-19, trovando i fattori di predisposizione a sviluppare la malattia e le sue complicazioni.

Next generation sequencing

NGS – Next generation sequencing (Foto Filippo Verza)

Quanti pazienti avete mappato?
Con il consenso dei pazienti, cui dobbiamo grati per il loro contributo alla scienza in un momento drammatico della loro vita, abbiamo raccolto materiale biologico di più di 1.500 persone affette in forma severa, grazie alla collaborazione di tutti i gruppi clinici del Policlinico: medicina, rianimazione, cardiologia, pneumologia e pediatria.

Nella prima fase abbiamo ricevuto i campioni, li abbiamo congelati, processati e poi, in collaborazione con altri gruppi europei, li abbiamo analizzati e mappati.

Quali risultati avete ottenuto?
Nella prima parte dello studio, con risultati pubblicati prima su New England Journal of Medicine e di recente su Nature (due delle più prestigiose riviste scientifiche a livello mondiale n.d.r.), sono stati identificati 13 loci (posizioni nel genoma umano) strettamente associati a infezione da Covid-19 grave, oltre a fattori causali come il fumo e un indice di massa corporea elevato.

Gli studi permettono di definire con grande certezza quali sono i fattori di predisposizione individuale al Covid, qual è il contributo del programma genetico e l’interazione con l’ambiente (ed il virus). La ricerca genomica permette di creare la “carta d’identità molecolare” di una certa patologia in un singolo paziente, realizzando così la Medicina Predittiva e Personalizzata.

Come proseguirà la ricerca?
Lo studio – che proseguirà per tutto il 2022 – dopo la mappatura procederà con il sequenziamento del genoma. La possibilità di avere una macchina di ultima generazione ci dà la possibilità di sequenziare il DNA direttamente nei nostri laboratori della piattaforma genomica, andando a mappare le varianti più rare delle regioni codificanti del genoma (esoma), non solo quelle più comuni, nei pazienti che hanno sviluppato le forme più severe di malattia.

Inizialmente questi dati serviranno per uno studio interno per comprendere i meccanismi che portano ad infiammazione severa e poi verranno condivisi a livello internazionale per l’avanzamento delle conoscenze sul contrasto alla malattia.

L’acquisto del sequenziatore di ultima generazione NGS come vi ha aiutato?
Prima dell’arrivo di NGS dovevamo appoggiarci agli altri centri di ricerca che avevano questa macchina, adesso invece possiamo fare nel nostro stesso ospedale questo tipo di ricerche senza dover chiedere aiuto ad altri, siamo quindi più autonomi, più veloci e più flessibili.

Abbiamo anche un “peso” maggiore a livello di ricerca in queste collaborazioni internazionali, come polo di eccellenza tecnologicamente all’avanguardia, fornendo il nostro contributo a livello internazionale per contrastare la pandemia.